Expérience / Compétences

J’utilise l’informatique pour des raisons professionnelles depuis de nombreuses années. Tout a démarré lors de mon DEA à l’observatoire de Meudon, lors de travaux pratiques en informatique. Le langage informatique scientifique qui avait le vent en poupe était le Fortran. Les systèmes utilisés étaient des Vax et le système opérationnel VMS. La partie stage de ce DEA s’est déroulée à l’Observatoire de Nice, où j’avais travaillé sur un logiciel, en Fortran, de simulation des observations en lumière polarisée du rayonnement provenant d’un tube de flux magnétique à la surface du soleil. Ce travail a abouti à ma première publication scientifique « Radiative transfer across a magnetic flux tube », Audic, S., Solar Physics, vol. 135, Oct. 1991, p. 275-297.

J’ai effectué alors une thèse en Astrophysique à l’Observatoire de Nice sous la direction de Hélène Frisch. Pendant cette thèse, j’ai réalisé des simulations numériques de la propagation des photons en milieu inhomogène, en CMFortran, sur la Connexion Machine CM-2 installée à l’INRIA de Sophia-Antipolis.

Après ma thèse j’ai rejoint le CRS4 (Centro di Ricerca, Sviluppo e Studi Superiori in Sardegna) où j’ai travaillé sur des problèmes de traitement d’image, en lien avec l’analyse de filtres d’hybridation de l’ADN. Ce passage en Sardaigne m’a permis de rejoindre une discipline encore jeune, la bioinformatique.

J’ai ensuite rejoint le laboratoire « Information Génétique et Structurale » à Marseille, dirigé par Jean-Michel Claverie. J’y ai travaillé sur de nombreux thèmes dont l’analyse de l’expression différentielle des gènes, ou l’assemblage et l’annotation de génomes, de bactéries essentiellement, mais aussi du premier virus géant découvert, le fameux Mimivirus. C’est là que j’ai été recruté au CNRS comme ingénieur de recherche en calcul scientifique.

En 2010 j’ai rejoint la Station Biologique de Roscoff et le laboratoire « Adaptation et Diversité en Milieu Marin » dirigé par François Lallier, dans l’équipe « Evolution du Plancton et Ecosystèmes Pélagiques » dirigée par Colomban de Vargas. J’y ai notamment travaillé sur les gros volumes de données générées par l’analyse génétique en metabarcoding des échantillons planctoniques collectés lors de l’expédition Tara Oceans (« Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean », de Vargas C, Audic S, Henry N et al., Science, vol. 348, Issue 6237, 1261605).

En juin 2017, je quitte le CNRS pour créer la société Roskoding. Possédant de nombreuses années d’expérience dans le domaine de la programmation, de l’analyse de données, des services web, des bases de données, du data mining, etc, je pense qu’il est temps de me mettre à voler de mes propres ailes, pour plus de liberté mais aussi avec plus de responsabilités et mettre mes compétences au service d’un public plus vaste.

Stéphane Audic